1. 专利法制建设工作
2005年，国家知识产权局启动了中国专利法及其实施细则第三次修改的研究准备工作。为了贯彻“民主立法、科学立法”的精神，国家知识产权提出了专利法及其实施细则第三次修改可能涉及的19个方面问题，面向全社会公开进行招标，并经评审最终确定了包括高等院校、科研机构、政府部门、司法部门和社会中介服务机构在内的单位承担研究工作。各研究项目正按计划顺利进行。
4月15日，我局召开专利法及其实施细则第三次修改研究课题座谈会。
继续进行《专利代理条例》的修订。在以往工作基础上，经听取各方面意见，形成了《专利代理条例修订草案（送审稿）》，并于今年上半年呈报国务院。 遵循《中华人民共和国行政许可法》和《全面推进依法行政实施纲要》的要求，《专利代理条例修订草案（送审稿）》完善了专利代理机构和专利代理人资质的授予条件和程序；对专利代理活动中的违法行为及其处罚等作出了更为具体、全面的规定。
出台《涉及公共健康问题的专利实施强制许可办法》。该办法明确了我国对多哈宣言所重申TRIPS协议中灵活性条款的立场，并依据世界贸易组织总理事会决议，确立了我国解决公共健康问题的机制。该办法的制定是落实世界贸易组织多哈宣言和其总理事会决定所采取的一项措施，为解决可能面临的公共健康问题提供了更为完善的法律保障。
推动和深入开展遗传资源、传统知识保护问题的研究。增设专门机构对相关问题进行跟踪、研究和推进；举办征文活动，为我国参与知识产权国际规则谈判和国内立法提供了很好的参考；在政府网站设立相关专题，成为国家知识产权局就遗传资源和传统知识保护问题与公众进行交流和宣传的重要平台。年内还向世界知识产权组织国际局提交了专门提案，表明了我国的积极态度。针对专利申请中遗传资源的来源披露问题，进行了重点研究和分析，完成专题研究报告，并启动了相关规章的制定工作。
2. 专利代理管理工作
为了顺应形势和事业的发展，国家知识产权局决定对全国专利代理人资格考试的模式进行改革。此次改革将以公正、透明、科学、规范为原则，其主要内容包括将每两年举办一次考试改为每年举办一次；将原有四个科目的考试改为专利法律知识、相关法律知识和专利实务三个科目；重新编撰考试大纲，在考试之后公布参考答案等。考试改革方案上网公布征求意见后，得到社会各界的广泛好评。自2006年起，将按照改革后的模式举办全国专利代理人资格考试。
继续进行专利代理机构审批工作，共办理49家专利代理机构的审批手续，198家专利代理机构的变更手续，以及 13家专利代理机构撤销手续。
开展专利代理机构和专利代理人年检，完成了对598家专利代理机构和4231名专利代理人执业证书的年检，并且已将首批通过年检的472家专利代理机构予以公告。
3. 积极参与国际规则的制定
近年来我局一直参与海牙国际私法会议关于管辖权公约的的谈判工作，现各方已就公约文本达成一致，并形成了该公约的生效文本。继续参加世界知识产权组织有关《实体专利法条约》、《专利合作条约》改革、传统知识和遗传资源保护等主题的历次会议，参与世界贸易组织TRIPS理事会关于落实多哈宣言的国际会议，就上述问题阐述我方观点。
4. 行政复议
2005年我局共受理134件行政复议案件，其中不服不予受理专利申请的2件，不服专利申请日确定的1件，不服视为未要求本国优先权的3件，不服视为未要求外国优先权的84件，不服专利申请视为撤回的18件，不服视为放弃取得专利权的权利的4件，不服专利权终止的7件，不服不予恢复权利的4件，不服分案申请视为未提出的5件，不服不予更改费用种类的1件，不服著录项目变更视为未提出的1件，不服更改外观设计专利分类号和设计名称的2件，不服生物材料样品视为未保藏的1件，不服依职权修改外观设计简要说明的1件。在这134件行政复议案件中，我局变更原具体行政行为的有32件，维持原具体行政行为的有87件，未结案的有15件。
2005年以我局名义应诉的行政诉讼案件有18件，其中不服视为未要求外国优先权的7件，不服专利申请视为撤回的2件，不服专利权终止的1件，不服不予恢复专利权的1件，不服分案申请视为未提出的1件，不服专利权转移公告的1件，不服我局恢复专利权的行为的1件，要求确认我局行为违法的1件，要求行政赔偿的1件，不服我局行政复议决定的2件。其中已经结案的有4件，一审审结的有12件（其中4件原告已上诉），一审未结的有2件。